簡介：在第二次新吉恩戰爭、別名“夏亞的叛亂”終結後，地球圈取得了短暫的和平。　　這之後3年，宇宙世紀0096年。在工業殖民地“工業7號”上進行了一項秘密交涉。內容為－－被認為是地球聯邦政府暗中操控的“比斯特財團”將把最高機密“拉普拉斯之箱”交給新吉恩的殘黨軍“袖付”。　　另一方麵
，在安納海姆工業專門學校就讀的少年巴納吉·林克斯遇見了自稱為奧黛麗·本的少女（實為舊吉恩公國次男多茲魯·紮比之女
，美耐巴·紮比）奧黛麗為了製止新的戰爭爆發，必須組織“拉普拉斯之箱”的交易。巴納吉在數次幫助奧黛麗之後，逐漸被她所吸引。　　隨(sui)後(hou)，地(di)球(qiu)聯(lian)邦(bang)察(cha)覺(jiao)了(le)這(zhe)起(qi)交(jiao)易(yi)，並(bing)進(jin)行(xing)軍(jun)事(shi)介(jie)入(ru)
，工(gong)業(ye)殖(zhi)民(min)地(di)隨(sui)即(ji)化(hua)為(wei)一(yi)片(pian)火(huo)海(hai)。巴(ba)納(na)吉(ji)和(he)同(tong)伴(ban)一(yi)邊(bian)避(bi)難(nan)一(yi)邊(bian)尋(xun)找(zhao)著(zhe)奧(ao)黛(dai)麗(li)，而(er)出(chu)現(xian)在(zai)他(ta)麵(mian)前(qian)的(de)是(shi)比(bi)斯(si)特(te)財(cai)團(tuan)的(de)當(dang)家(jia)卡(ka)迪(di)阿(e)斯(si)·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯將出生的秘密告訴了巴納吉，並且將箱之鑰匙－－“機動戰士高達獨角獸”托付給他。　　隨後，一場圍繞“拉普拉斯之箱”的戰爭開始了………