簡介：一艘巨大的外星無人探測器向地球航來，它不斷地發出奇特的電波信號：功率強大的信號煮沸了海水，幹擾了附近的星艦並造成了廣泛的破壞。此時，詹姆斯·柯克中將與他的船員們在完成了讓斯波克上校複活的任務後

，駕駛著從克林貢人那搶來的猛禽艦（被改名為“賞金號”）從瓦肯星返航，盡管他們已經知道了將麵臨軍事法庭的指控：tamenbeizhikongdaoqielelianbangxingjianjinquhao，bingduitadehuihuaifuyouzeren。zaiciguantou，shangzaihuifuzhongdesibokefaxianzhesouwaixingtanceqizhengchangshiyudiqiushangdezuotoujingjianlilianxi；但不幸的是，早在3個世紀前座頭鯨就因過度的捕獵而滅絕了。　　柯克命令“賞金號”進入引力彈射狀態，利用太陽的萬有引力而穿越時空來到20世紀後期。星艦於1986年抵達了美國加利福尼亞州的舊金山市，船員們將星艦藏在金門公園的一處草坪上。此後，他們開始尋找能與外星探測器溝通的鯨魚、能將鯨魚裝在星艦上的容器，以及能讓猛禽艦恢複能源供應的物質——在星艦穿越時空的旅途中能源幾乎被耗盡。柯克與斯波克最終獲得了一位鯨類專家吉莉安·泰勒博士的協助，她在索薩利托市鯨魚協會照料兩頭座頭鯨。　　在經曆了許多的困難後——包括讓泰勒相信他們的確來自未來——進jin取qu號hao的de船chuan員yuan們men成cheng功gong地di營ying救jiu了le兩liang頭tou座zuo頭tou鯨jing，並bing將jiang它ta們men帶dai到dao未wei來lai
，及ji時shi地di拯zheng救jiu了le地di球qiu。然ran後hou船chuan員yuan們men被bei帶dai到dao了le聯lian邦bang委wei員yuan會hui的de麵mian前qian，接jie受shou眾zhong多duo的de指zhi控kong。沒mei有you被bei作zuo為wei被bei告gao的de斯si波bo克ke也ye與yu其qi他ta船chuan員yuan們men站zhan在zai了le一yi起qi。最zui後hou
，鑒jian於yu他ta們men新xin近jin的de英ying勇yong表biao現xian，除chu了le對dui柯ke克ke中zhong將jiang的de控kong告gao外wai，針zhen對dui其qi餘yu被bei告gao的de所suo有you控kong告gao都dou被bei撤che銷xiao。柯ke克ke以yi作zuo為wei一yi名ming上shang級ji軍jun官guan卻que違wei背bei命ming令ling的de罪zui行xing被bei判pan有you罪zui，並bing象xiang征zheng性xing地di被bei降jiang職zhi為wei上shang校xiao以yi示shi懲cheng戒jie；但作為對他英勇行為的表彰，他被任命為聯邦星艦進取號-A的艦長。與進取號船員一同來到23世紀的泰勒博士，決定加入星際艦隊並成為一名科學官。　　作為情節框架的支線劇情，展現了斯波克逐漸地恢複了他的記憶、他此前獲得並接受的人類傳統，以及他對自己情感的承認。在影片開始時，他不明白母親詢問他的“感覺”有何意義；但到最後，他已能足夠意識到“感覺”對人類的重要性，並托父親告訴母親，他“感覺良好”。…